A、一块水田里的全部水稻、水草、鱼以及其他生物属于群落，A错误；B、一个池塘中的鱼不止一种，因此一个池塘中的全部鱼不属于种群，B错误；C、一块朽木上的真菌不止一种，因此一块朽木上的全部真菌不属于种群，C错误；D、一块棉田中的全部蚜虫属于一个种群，D正确．故选：D．
