流脓是肛门瘘管发病时的主要表现症状，瘘管影响脓液的多少，新生瘘管一般流脓较多。其分泌物会反复刺激肛周皮肤，使其瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合时，瘘管内脓液会出现积存现象，使肛周肿胀疼痛，反复发作，病情严重时会发生溃破现象，从而出现多个外口。
一般情况下，那些较大较高位置的肛瘘都有粪便及气体从外口排出。
肛瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物。在肛周皮肤可见单个或多个外口，挤压可排出少量脓液或脓性分泌物。 术后也一定要做好肛部护理，就是坐姿时让肛部悬空透气，便后用水清洗干净肛周，熏蒸坐浴保证足够时间。做到这些并不容易，医生一般会让准备一套电动肛部促愈包，里面有促愈药浴盆直接放在马桶上用坐姿坐浴。肛部促愈包一般大医院都有但比较贵，可以在网上买，但要注意鉴别假货，要医用材质的，质量最好的是注射器级别的透明材质，盆体是透明的，导气管也是透明的输液管。很多假货都是用洗脚盆的塑料搞得，导气管是不透明的回收橡胶管，闻起来刺鼻，洗脚没问题，但劣质塑料遇到热水熏蒸会产生大量有害物质，尤其是便血有伤口的，反而雪上加霜，危害极大。
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