民房商用店铺的补偿肯定存在区别,按照国务院《城市房屋拆迁管理条例》规定的补偿安置方式上看不大,都是货币补偿和产权调换这两种方式,但在拆迁评估的评估方法上存在差异。住宅房屋一般采用市场比较法进行估价,商用店铺由于缺乏同一区域位置出售的可比照案例,多采用现行收益法进行估价。不同的估价方法和估价策略最终将会影响到价值量存在很大的差异,反映到补偿价格上营业用房单位面积的补偿价格远远高于住宅用途房屋。