①基因突变一般发生在DNA复制时，即有丝分裂间期和减数第一次分裂间期，①正确；②非同源染色体的自由组合只能发生在减数分裂过程中，②错误；③染色体结构变异在有丝分裂和减数分裂过程中都可以发生，③正确；④染色体数目变异既可以发生在有丝分裂后期，也可以发生在减数第一次后期或减数第二次分裂后期，④正确．故选：C．
