①生物体内的基因突变如果发生在体细胞则不能遗传给后代，①错误．
②突变和基因重组使生物多样性增加，为生物进化提供原材料，②正确．
③二倍体西瓜与四倍体西瓜存在生殖隔离，不是一个物种，③错误．
④有些物种的形成不需要地理隔离，如多倍体的形成，④错误．
⑤生殖隔离是判断物种形成的标准，两个种群间的生殖隔离一旦形成，这两个种群就属于两个物种，⑤正确．
⑥生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性，生物多样性的形成不一定是新物种的形成，⑥错误．
故答案为：B
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