A、同源染色体上的非姐妹染色单体之间的片段互换属于交叉互换，即基因重组的一种形式，如发生在非同源染色体之间属于易位，即染色体结构变异，故A错误；
B、基因突变是因为碱基对的增添、缺失或改变，从而导致基因结构发生改变，故B正确；
C、Aa自交后代中出现aa个体现象属于性状分离，原因是等位基因的分离，故C错误；
D、植物体细胞克隆过程属于无性繁殖，可能发生基因突变和染色体变异，不能发生有性生殖过程中的基因重组，故D错误．
故选：B．
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