蓝藻是原核生物，而水绵是真核生物。因此它们最大的不同点是前者无真正的细胞核（无核膜），而后者有。 蓝藻无线粒体，高尔基复合体，内质网等细胞器，而后者有。前者有鞭毛后者无，好像前者有中心体，而后者无。其同点是都有叶绿体，核糖体。但其叶绿体形态不相同，前者呈杯状，后者为带状。细胞形态上，前者为椭圆形，后者为矩形（平面上）。前者基因连续，无内含子与外显子之分，而后者基因不连续，有内含子，外显子之分。
