如果借用时乙方与另一家企业签有承包协议（事实上只是借用资质），而此工程又允许转包，工程结束验收合格后甲方应该按合同支付给乙方相应的合同金额。如果工程不允许转包或乙方未和另一家签有承包协议，当视为乙方违约或合同主体不合法，但事实的承建工程已竣工，甲方可扣除相应的违约款，但不是剩余的所有合同金额。
