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在新的企业会计准则体系（2006）下，购买被投资企业股权所支付的初始投资成本，与享有的被投资企业净资产账面价值份额之间的差异（以下简称“支付与账面差异”），不再作为“长期股权投资差额”简单摊销，而是区别差异形成原因，分别进行处理。
“支付与账面差异” = “支付与公允差异” + “公允与账面差异”
其中：
1、“支付与公允差异”，是指购买被投资企业股权所支付的初始投资成本，与享有的被投资企业可辨认净资产公允价值份额之间的差异。当前者大于后者时，不调整长期股权投资，也不进行摊销；当前者小于后者时，计入营业外收入，之后，也不存在摊销问题。
2、“公允与账面差异”，是指享有的被投资企业可辨认净资产公允价值份额，与享有的被投资企业净资产账面价值份额之间的差异。该部分差异，不进行简单摊销，而是应当结合投资收益的确认进行相关处理。
处理方式：将“公允与账面差异”按照相对应的被投资企业账面资产负债的耗用、处置等进行结转处理。
处理思路：上述“公允与账面差异”并未调整被投资企业的账面金额，因此，被投资企业的净利润是以账面价值为基础的核算结果。所以，应当按上述处理方式进行处理，使得“账面净利润”调整为以公允价值为基础计量的“公允净利润”。
举例：
经评估，被投资企业固定资产账面价值100万元，评估价值120万元，评估增值（“公允与账面差异”）20万元。该固定资产尚可使用年限5年。假设被投资企业某年净利润100万元，则：
固定资产评估增值应增加的折旧额 = 20 / 5 = 40万元
以公允价值为基础计量的净利润 = 100 – 40 = 60万元
投资企业以此净利润为基础，确认投资收益，由此，“公允与账面差异”变相得到摊销。
当然，上述叙述是假设该长期股权投资采用“权益法”核算。在“成本法”核算下不存在此类问题。此外，在新准则下，企业对子公司股权的核算，应当采用“成本法”核算。
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