轨道R1线(南北纵向)北起非遗园(济南西站北附近),南至长清大学园区,为南北向市域快线,连接长清组团中心和济南西站副中心,串联创新谷、园博园、大学城、济南西站等重点区域。R1线在绕城高速以内以地下为主,绕城高速以外以高架为主。
轨道R2线西起济南西站,东至郭店,利用既有铁路走廊,为东西向市域快线,连接西站片区、济南站、东部新城及章丘城区,大部分利用胶济铁路走廊,提供东西向快速出行,先期建设济南西站至郭店段。R2线除西站片区、济南火车站附近局部下穿外,其余线路以地面方式、平行于既有铁路为主。
轨道R3线南起龙洞,北至飞机场,远期通济阳,为南北向市域快线,连接奥体文博片区、济南新东站片区、空港片区及济阳城区,串联奥体中心、济南新东站、遥墙机场、济阳等重要的客流集散点,先期建设龙洞至机场段。R3线在济南新东站以南以地下为主,以北以地上为主,但机场附近部分线路为地下。