A、一个大肠杆菌既是一个细胞也是一个个体，所以既属于细胞层次又属于个体层次，A正确；B、细胞是最基本的生命系统结构层次，蛋白质和核酸等生物大分子不属于生命系统的层次，B错误；C、生态系统是生命系统的一个层次，它指生物群落与他的无机环境相互形成的统一整体，C错误；D、单细胞生物无组织、器官层次，植物无系统层次，D错误．故选：A．
