初住菩萨可以分身吗？六祖可以不可以？初地菩萨的阿赖耶尚没有转识成智，每个分身的第八识一样不？

可以的。
印光法师开示永明禅净四料简的含义的时候说，“至临命终时，蒙佛接引，往生上品。一弹指顷，华开见佛，证无生忍。最下即证圆教初住。亦有顿超诸位，至等觉者。圆教初住，即能现身百界作佛。何况此后，位位倍胜，直至第四十一等觉位乎。故曰，来生作佛祖也。”
注意此处所说“圆教初住，即能现身百界作佛。”显然是可以分身的。

六祖大师是大菩萨，但具体是什么阶位的后学不晓得，也不敢妄测。
经上未说菩萨的地阶的，不应臆断。后人对祖师大德的修证果位有附会的，不盲从为好。大德到了什么位阶不重要，其所论说的法义如理如法才是最重要的。诸大菩萨大阿罗汉所说法，大众已经甄别过的，有共识的，可依止闻思熏修。未有共识的，学佛人当依三法印、一实相印而甄别。若想了解阿罗汉、菩萨、佛的智慧功德别相，可参考《大智度论》。

至于阿赖耶识、转识成智什么的，恕后学愚钝，兼不曾研习，无法回答。
不过这里有一些资料，应当会对师兄有帮助吧。
《转识成智-什么是识？什么是智？》
http://www.bskk.com/forum.php?mod=viewthread&tid=109293
《六祖开示<楞伽经>‘三身四智’及‘转识成智’》
http://www.bskk.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2743973

希望对您有帮助，南无地藏菩萨！