查询土地承包经营权证的，可以向当地县级以上地方农业行政主管部门进行申请。根据《农村土地承包经营权证管理办法》第十条规定，农村土地承包经营权证登记簿、承包合同登记及其他登记材料，由县级以上地方农业行政主管部门管理。农村土地承包方有权查阅、复制农村土地承包经营权证登记簿和其他登记材料。县级以上农业行政主管部门不得限制和阻挠。
