真菌和细菌最大的区别在于，真菌属于真核生物，有核膜与核仁，而细菌属于原核微生物，仅有原始的核质，无核膜和核仁。真菌的体积要比细菌大，在光学显微镜下，真菌放大100-500倍就可以看到，而细菌则要数百倍，上千倍。细菌细胞壁组成为肽聚糖，多数真菌的细胞壁中主要依赖于几丁质与β-葡聚糖组成的微细纤维骨架和不定型多糖基质的致密结构。生殖方式上细菌为分裂生殖，真菌多样。
芽胞属于主要是革兰氏阳性杆菌所有，是一种休眠体而不是繁殖体，真菌的孢子属于繁殖体。请注意一点的是，现在的芽胞的bao不是这个“孢”，因为不是繁殖体，现在都改成月字旁的“胞”。
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