与预处理没有关系，因为即使预处理细菌超标，进入反渗透后，反渗透膜能够拦截细菌，细菌也无法进入到产水中去。纯化水的细菌主要来自于反渗透到纯化水水箱的管道、纯化水箱（需要安装空气呼吸器）、纯水水泵及循环管道（需要安装紫外线杀菌），定期进行杀菌消毒。
纯化水贮罐、输送管道的清洁、消毒是为了确保纯化水的质量。根据GMP要求，须对纯化水贮罐、输送管道的清洗及消毒效果。按《纯化水系统清洁规程》用臭氧水、双氧水对纯化水贮罐及输送管道系统进行消毒，纯化水中通入臭氧的时间及臭氧水的消毒效果、消毒周期；双氧水的消毒效果及消毒周期。
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