建筑质量不合格，工程款该如何支付？

选一。
因为整改是因为乙方责任而来的，所以费用由乙方负责；这个没有问题，但是整改合格，甲方应按合格工程支付工程款。你所说的某公司像是个正规的单位，所以你应让他们：
首先是赔偿违约金——合同没有履行完不干了；
第二是整改，基础是一个工程中最难处理的部分，只有依设计做好了才能全额付款；现在司法鉴定有此现像那只有整改并合格后才能付款了；
第三，如果整改合格，应支付工程款，并扣留质量保证金不超过10%；
第四，如其不整改可由别人去整改，费用从工程款中扣除；直到扣完；
第五，如不服可以仲裁；仲裁不服可法律解决；

首先按照合同来说，有否规定有质量上的罚金，如有，直接扣减质量罚金，无论是否整改通过验收；

其次，如何支付工程款，应应该按照合同进行，若合同无规定，则：

按照合格工程支付款项；

向承包商追索因其不合格引致的后果损失，如工期，司法鉴定费，验收的费用。

无论合同有任何规定，任何的整改费用，均应由承包商赔付。

整改合格后，就是合格品，应该支付工程款。还要看合同中的质量目标，如果要求是优良或省优的，达不到，就要按合同扣款，如不归还质量保证金等。还有如果是整改，往往无法按期交付，可以扣工期延期款。

质量不合格不验收，依法维护你的权益，索赔。

用法律手段向施工单位和相关责任人追究责任。