法院冻结和公安冻结都比较严重。两者有以下区别:1、案件性质不同,侦查阶段,侦查机关主要对经济犯罪案件实行冻结,而法院的冻结是当事人向法院申请进行财产保全,案件范围较广泛;2、案件所处阶段不同,侦查机关的冻结是在案件侦查过程中采取的措施。而法院的冻结可能是在提起诉讼、申请仲裁前,诉讼中,执行过程中等阶段采取的措施;3、程序不同,刑事诉讼法中规定人民检察院、公安机关根据侦查犯罪的需要,可以依照规定查询、冻结犯罪嫌疑人的存款、汇款,侦察机关的冻结是根据侦查犯罪的需要,不是根据受害人的申请实施,法院冻结是根据当事人提出的申请,采取的保全措施。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十七条 当事人和辩护人、诉讼代理人、利害关系人对于司法机关及其工作人员有下列行为之一的,有权向该机关申诉或者控告:(一)采取强制措施法定期限届满,不予以释放、解除或者变更的;(二)应当退还取保候审保证金不退还的;(三)对与案件无关的财物采取查封、扣押、冻结措施的;(四)应当解除查封、扣押、冻结不解除的;(五)贪污、挪用、私分、调换、违反规定使用查封、扣押、冻结的财物的。受理申诉或者控告的机关应当及时处理。对处理不服的,可以向同级人民检察院申诉;人民检察院直接受理的案件,可以向上一级人民检察院申诉。人民检察院对申诉应当及时进行审查,情况属实的,通知有关机关予以纠正。