二者是有所区别的。
从来源看，公共财政预算下的国有资本收入，一般只涵盖行政事业单位的非税收入中国有资产收益的那部分。而国有资本经营预算的收入应主要来源于国家以国有资本所有者身份取得的各种国有资本收益，包括国有企业上缴的利润、国有股份红利收入等。
从使用看，公共财政预算下的国有资本收入其支出为满足公共需要，国有资本经营预算下的收入，其目的必须用于国有资本的再投入、扩大投资，包括对新建项目的资本金投入、向不同所有制企业参股控股、对国家鼓励发展的建设项目进行贴息等。
实践上，很多地方的国有资收经营预算还不成熟，把二者混为一谈。
ps:各级政府预算是按照复式预算编的。在两者预算收支科目内，分别设置专门衔接科目。在公共预算有结余的时候，可按产业政策要求，实行转移支付，对国有资本财政进行投资。而公共财政支出与社会保障支出面临巨大的资金缺口时，则应需要按量力负担原则，由国有资本经营预算加以填补。
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