该影片主要讲述了一个叫Jacob雅各布（阿沙· 巴特菲尔德 饰）的男孩与一群有特异功能的儿童、一家专门收留这样儿童的孤儿院所经历的奇幻、惊悚的故事。Jacob在小时候经常听爷爷跟他讲起一个遥远小岛上关于一家孤儿院的神奇故事，那里有：可以把火苗握在手中的女孩，也有双脚从不沾地的女孩，还有一对无需动嘴说话就能心心相通的双胞胎。据爷爷说，他们住在这里是为了躲避一个可怕的怪兽。
爷爷去世后，雅各布整理遗物时意外发现了一封“佩瑞格林小姐”（伊娃·格林的角色）给爷爷的来信，顺藤摸瓜他找到了威尔士海岸边上的一个小岛，这里就是当年爷爷和其他孤儿生活过的地方。不过现在这里已经破败不堪，也看不到曾经的孤儿的身影，不过随着雅各布的调查越来越深入，他发现当年那些孤儿还活着，爷爷所说的怪物也真实存在，并且正在跟踪自己
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