①原子可以再分为原子核和核外电子，故错；
②根据质量守恒定律可知反应前后元素种类不变，蜡烛燃烧生成CO2和H2O，说明蜡烛里一定含有C和H两种元素，可能含有氧元素，故正确；
③二氧化碳通入紫色石蕊试液变红，是因为二氧化碳与水反应生成碳酸，碳酸使紫色石蕊试液变红，故错；
④单质是由一种元素组成的纯净物，由一种元素组成的物质不一定是纯净物，例如氧气和臭氧，故错；
⑤置换反应的生成物为单质和化台物，但有单质和化合物生成的反应不一定为置换反应，例如过氧化氢分解，故正确．
故选：D．
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