合同是按照原来的，因为法律是没有溯及力的，旧合同在没有到期以前依然可以按照原来的条款执行。
员工手册是公司制度的范畴，所以更新后全体员工都需要按照最新版本的内容执行，而且一般来说合同中关于如何执行公司制度都会有相应的条款说明，你也可以仔细阅读一下。
当然是以最新的为准
员工手册是一个公司的制度，制度是不断更新完善的，就像国家的法律一样的，不可能是刚开始就把所有问题所有事件都想好了，都是慢慢根据实际情况一步步来更新来完善的！
关键是要注意新的员工手册必须按照法律规定的程序“公布”，告知所有员工。建议要求所有员工书面签收该员工手册。这样的话，新的员工手册就能生效了。
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