安全性问题一直是微生物制剂，特别是基因工程菌推广使用的主要障碍，在这方面还需
加强管理和更深入的研究，但仅仅因为基因工程菌可能存在一定的危险性就停止研究和使用，
将使我们失去一个高效降解污染物的有力工具。在确保生活垃圾处理的安全性方面，关键要把好两个关，即投放安全菌剂和排出无害残存物。也就是说，必须要保证投加的是无害菌，
如果使用基因工程菌必须保证其安全性，例如可构建只适于垃圾处理系统的营养缺陷型菌株来保证其安全性等；同时要把握好垃圾“消化”过程的温度、湿度、通气状况等，确保
处理后的残存物也是安全的。目前，用于生活垃圾处理的菌种都来源于自然界且绝大部分不
是有害菌，从垃圾处理机的运转情况看，并没有对周围人群产生不良影响，机器排出的残渣
还成了附近居民抢手的花肥。从长远看，随着生物技术的发展，基因工程技术的研究也将越来越深入，它必将在环境污染治理中发挥重要作用。
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