驻日美军在日本共有88处军事设施与基地,总人数为36365人。驻日美军司令部在东京的横田基地。
驻日美军陆军司令部在神奈 川县的座间基地,下辖第9战区支援司令部,第10地域支持群第部队。驻日美军陆战队司令部位于冲绳,下辖冲绳第3海军陆战队,第1海军陆战航空大队,第3海军陆战后勤大队,第12海军陆战大队。驻日美军海军司令部位于横须贺,并拥有佐世保,冲绳白滩海军基地。驻日美军空军司令部位于横田基地,指挥位于三泽的第35战斗航空联队,横田的第374运输航空大队和嘉手纳的第18航空联队。另外,在嘉手纳,厚木,三泽还驻有海军航空设施队,直接受第七舰队指挥,不受驻日美军司令部的指挥