南京南站高铁站入口位于南京市雨花台区玉兰路98号三楼。乘坐地铁1号线和3号线，可以从4/5号口出，上手扶梯，上3楼南广场检票大厅楼层；地铁s1和s3号线从7号口和8号口出进站最快。南京南站就一个候车大厅，南广场北广场互通，可以任选其一进入。
南京南站是一个“桥建合一”的站房，买票、候车、出站、上车都在一个立面上，但不在一个层面上。站房共分五层，地上三层，地下两层。地下二层为地铁站台层，地铁1号线、3号线南北贯通同台换乘，地铁S1号线、S3号线东西贯通同台换乘。
南京南站地下一层为站房设备、地铁站厅、商业开发层及市政配套车库。地面一层集散层，出站及综合交通方式换乘区域都在这层，四角分别设有配楼，包括出租车场站、公交场站、南京汽车客运南站、铁路售票处等。
地上二层为站台层，28条铁轨从此层通过，同时设置有北进站广厅、贵宾区，也包括1个铁路售票处。地上三层为候车层及送站平台，并设有客服商业夹层，共有56个检票口、100多个的自动检票机，大厅四个角落各配了1个售票处。
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