简单说哲学的物质范畴是各种具体物质形态的总和的一种抽象，自然科学关于物质结比如原子、质子等只是某种具体物质形态或人的认识的一个层次。
可见自然科学的“物质”隶属于哲学的“物质”，只是其一个小部分。
说白了，哲学的物质就是词典中的“老婆”指妻子，是天下所有妻子的总和的抽象。而你日常生活中喊老婆当然特指你自己的妻子，喊别人妻子老婆不但你妻子不同意还要小心挨揍。
解释到这个份上，想必你应该明白了。
区别在于：
（1）哲学物质范畴是对物质的客观实在性这一共性的概括,而自然科学的理论是在一定历史阶段人们关于物质的具体形态、属性、结构的一定层次的认识.两者是共性与个性的关系.
（2）哲学物质范畴关于物质客观实在性是不变的.而自然科学理论是可变的,是不断发展的.
联系在于：指导与基础的关系.
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