主要作用是保证食源性致病菌的培养、分离、鉴定及血清学实验等的准确性。
微生物实验室中洁净室目前涉及到的主要标准有《GB/T 16292-2010 医药工业悬浮粒子测试方法》、《GB/T 16293-2010 医药工业洁净室（区）浮游菌的测试方法》、《GB/T 16294-2010 医药工业洁净室(区)沉降菌的测试方法》、《国家食品药品监督管理局药品包装材料生产厂房洁净室(区)测试标准(试行)(YBB00412004)》、《GB50333-2002医院洁净手术部建筑技术规范》和《国家食品药品监督管理局药品生产质量管理规范》（2010年修订）即GMP2010年版的
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