请问，我在上海上班，是外地农村户口，公司规定不能交住房公积金，那还有其他什么办法吗？

首先可以告诉你，你被侵权了。

判断住房公积金是否具有强制性应根据国家的法律法规。国务院《住房公积金管理条例》第13条、第14条、第15条都明确规定，不管是单位办理缴存登记、设立单位住房公积金账户，还是为在职职工设立个人住房公积金账户，或者是每月正常汇缴住房公积金，单位都是“应当”办理。“应当”在法律上即为“必须”“强制”之意。可见，为在职职工缴交公积金是单位法定的、强制的义务和责任。据此，《住房公积金管理条例》第20条特别规定：“单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或少缴”
此外，《住房公积金管理条例》还规定了单位不缴交住房公积金的法律责任。第37条规定“单位不办理住房公积金缴存登记或者不为本单位职工办理住房公积金账户设立手续的，由住房公积金管理中心责令限期办理；逾期不办理的，处一万元以上五万元以下的罚款。”第38条规定：“单位逾期不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。”可见，如果单位抱有从众心理或者侥幸心理，不遵纪守法，将付出沉重代价。
根据《上海市住房公积金管理若干规定》第二条第二款的规定：“上海市公积金管理中心负责本市住房公积金的管理运作，监督检查本市单位和职工缴存、提取和使用住房公积金的情况，依法履行行政处罚职能”，如果单位违反法律规定，不为与其建立劳动关系的在职职工缴存住房公积金，职工可以向市公积金管理中心及各区县管理部投诉举报

也就是给你交公积金麻烦些。可能历史上农村户口比较少，慢慢就歧视农村户口了。只是会计人员懒惰而已

户口性质是不影响缴纳公积金的，而且不管什么户口性质，单位都有必要给员工缴纳公积金。单位不缴纳公积金，是不规范的做法。
上海今年公积金中心在严审没有规范缴纳公积金的单位，你可以咨询公积金中心