夫妻户口不在一起,办理准生证可以在男方户口所在地办理,也可在女方户口所在地办理,一般在居住一方办理。只要办理了准生证,上户口可以随父也可以随母,随父随母,由夫妻商量一致决定,与在哪方办理准生证没有关系。