缺点是发酵后的鸡粪的营养价值方面。
例如非蛋白氮仍然很多，占近一半的非蛋白氮，所以，还是适应于喂反刍动物为好；或喂猪等肠道长的动物，同时，如果发酵不充分，则可能还存在病菌和异味。
所以，一定要发酵充分，由于是发酵成饲料用的，所以又不能采用充分的好氧发酵（充分的好氧发酵会大量消耗掉能量，损失营养），但也不能严格地厌氧发酵，否则发酵时间也太长了。
所以，发酵时，还是最好加入一些疏松原料如麦麸米糠或秸秆类疏松一些（同时控制含水量少一些，如40-50%的含水量），让其发酵时里面有一定的空隙，有一定的好氧发酵，即前面启动发酵阶段是好氧发酵，然后迅速消耗掉了物料里面的空隙中的氧气后，马上进行厌氧发酵，同时，配合至少10%以上能量饲料如玉米粉一起发酵，发酵要产生充足的乳酸，以利于杀菌和保证乳酸菌的繁殖等。
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