1、分封制：朱元璋开历史的倒车，恢复了分封制。虽然从制度上做了一些限制，但是没有从根本上杜绝藩王作乱的可能性。后来的“靖难之变”、明武宗时期的藩王作乱等都是证明。
2、厚养宗室：朱元璋明初分封藩王时，朱姓皇族一共不过几百人，即使厚养也完全不影响国家运转；但是到了明末时，朱姓皇族已经达到了百万以上。每年耗费的钱粮是一个天文数字，甚至有官员发出了“靡费一国之钱粮不足养一姓”的哀叹。
3、卫所制度：朱元璋发明的卫所制度在明初是很不错的，而朱元璋也发出了“养百万兵而不费国家钱粮”的自豪之语。但是后来的卫所制度糜烂不堪，卫所兵直接变成了军官的奴仆，战斗力也只不过是一群拿着武器的农民。从明代中期开始，明朝就不得不开始采取募兵制。
4、以文抑武：这个严格来说不能完全算在朱元璋头上，但是他所创造的内阁制，后来逐渐变成了文官一家独大的局面。七品县令敢于呵斥一品总兵。这就造成了武将毫无地位可言，丧失了军人荣誉感的军人变成了兵痞无赖，战斗力丧失殆尽。
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