汉哀帝时，南郡一带长江水面多有盗贼，封萧育为南郡太守。汉哀帝因为萧育是耆宿名臣，就用三公使用的车子将萧育载入宫中接受策命，说：“南郡盗贼成群为害百姓，我非常担心这件事。因为太守一向威望很高，所以委任做南郡太守，到任之后，只应为民除害，维护安全。不要拘于小节。”赏赐黄金二十斤。萧育到南郡，盗贼被消灭。因病免官，又任命为光禄大夫、执金吾，在职位上去世。
萧育为人威严勇猛，做官数次被免职，很少提升。小时候和陈咸、朱博为友，在当时很有名。过去有王阳、贡公是好友，所以长安有句俗话说： “萧育、朱博结绶交好，王阳、贡公弹冠相知”，是说他们互相推荐以至显达。开始时萧育和陈咸都因为是公卿的儿子而闻名，陈咸是最早进宫的，十八岁任左曹，二十多岁任御史中丞。当时朱博还是杜陵亭长，受陈咸、萧育所引荐，进入王氏门下。后来同时担任刺史、郡守、国相，到后来任九卿。朱博先任将军上卿，经历的官位比陈咸、萧育多，一直到丞相。萧育和朱博后来有嫌隙，不能善终，所以世人认为交朋友是件难事．
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