如果您单位的厂房都是购买的而不是自建的，那么应当按照卖出价与买入价之间的差额适用5%的税率征收营业税。
如果是自建的厂房，则需要先按照建造成本乘以（1+的成本利润率）（这个成本利润率问一下你当地的税务部门），再除以（1－3%）(3%为建筑业营业税税率)，然后再乘以3%计算建筑业缴纳营业税，同时再按照转让价全额计算缴纳5%的营业税。
在计算缴纳税之后，再按照实际缴纳营业税计算缴纳7%（或者5%，1%）的城建税，3%的教育费附加，2%的地方教育费附加。
在转让房产与土地使用权时，还需要按照转让价计算缴纳万分之五的印花税
如果涉及土地使用权的转让，还需要视转让的增值额的具体情况计算缴纳30%－60%的土地增值税。
地转让房产时还需要视转让的具体情况，就其转让所得计算缴纳25%的企业所得税。
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