这里所说的河流生态系统，主要是指河流水体的生态系统，属流水生态系统的一种，是陆地与海洋联系的纽带，在生物圈的物质循环中起着重要作用。河流生态系统水的持续流动性，使其中溶解氧很充足，层次分化不显著。它主要具有以下4个特点：
1．具纵向成带现象，不过物种的纵向替换并非是均匀的连续变化，特殊种群能够在整个河流中再出现。
2．生物多数具有适应急流环境的特殊形态结构。表现在浮游生物较少；底栖生物多具有体形扁平。流线性等形态或吸盘结构；适应性强的鱼类和微生物丰富。
3．和其他生态系统相互制约关系复杂。一方面表现为气候、植被以及人为干扰强度等对河流生态系统都有较大影响；另一方面表现为河流生态系统明显影响沿海（尤其河口、海湾）生态系统的形成和演化。
4．自净能力强，受干扰后恢复速度很快。
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