我管收发文的，收到上级公司一份文件，内容是要各部门就其提出意见，然后我是该把文件怎么处理？

你应该画出一张文件处理单，标明来文单位，来文时间，接收人，文件名称，文号，密级等，下面给 你的直接领导、主管领导留白，并在下方给其它部门和领导留白，文件来了，你填上相应的内容后，直接送你的直接领导，再根据他的指示，你再送相应的人员来处理！并要注意文件的回收存档！

先告诉领导!看领导有什么指示.在大事情一定要听从领导的安排.要不,领导会觉得你任何事情都自作主!有些事情不想被周知的情况下,就会受到批评,有些事情可以积极主动一些.做完了告诉领导,这样可以提高自己的处理事情的能力.
你刚刚入行身边的同事好人与坏人要警惕!告诉领导了也不至于让那些人觉得你用权!反而随和一些.遇到事情的时候,其实你已经和领导有沟通了.所以不必担心什么了.
这个圈子要保护自己,也尽量不要伤害别人,为自己树太多的敌人.做好你自己就happy 了.

把文件交给你们公司的主要领导者人，请他指示，如果他打算在会议上讨论，你就不用管了，他会让人安排会议的，如果他打算印发给各部门，他会让你去印发，总之给他就对了。

按正常流程走!
要知道,越有争议的单位,其领导一般都会较精明,他们提意见也都是要么有建设性的,要么就是屁话!
你只管对口你的直接上级,有问题找直接上级,完成了也交给直接上级.