断裂陷落形成,所以地势低
吐鲁番盆地经历了地质年代的侏罗纪、白垩纪、第三纪、第四纪,是一个逐渐凹陷的古老盆地,特别是在距今3000万年前的喜马拉雅造山运动期间,盆地北缘的博格达山急剧上升,而盆地南北缘的库鲁克塔格山上升幅度较小,两山之间断裂陷落,最终形成了北高南低、西宽东窄的不对称盆地。中部有火焰山和博尔托乌拉山余脉横穿境内,把本地区分成南、北两半。
盆底艾丁湖水面,低于海平面154米,是中国最低的盆地,在世界上也仅次于低于海平面391米的约旦死海,为世界第二低地。鸟瞰吐鲁番盆地,可以清楚地看到,它以艾丁湖为中心,呈环状分布的地形,由三个环带组成。