如果合同上注明了复印件同样有效，是可以的。意思达成之时合同成立，约定采用书面合同的，书面合同签订时合同成立并生效。书面，并不代表一定是纸面。对于合同的形式，当事人双方完全可以约定，比如传真或者电子版本或者扫描件。约定视为有效
2是否是原件的问题。从你描述结合证据理论，属于原件；但是可能涉及到证据效力的问题，可能有纠纷。参加民诉证据规定。个人认为这样的合同是有瑕疵的，为防止纠纷最好补强。可以通过平时的电子邮件，电话录音等让对方再次认可该合同的形式。
3一旦发生纠纷，对于合同的纠纷，不仅仅审查书面的合同，还会结合事实，很多即使没有书面合同，即使有交易的事实，也会认为有事实合同存在。
4关于两边的盖章的法条和司法解释，很遗憾。目前真的没有专门规定。
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