甲肝疫苗的副作用常见的有：接种部份轻微疼痛，局部红肿硬块，不足5%的甲肝疫苗接种者出现全身性反应，包括头痛（每20位儿童中有1位）、发烧、恶心、食欲不振（每12位儿童中有1位）、疲倦（每14位儿童中有1位）等，孩童的发生率略低于**。这多数甲肝疫苗的副作用反应常见于注射甲肝疫苗第一针后，而这些所有的甲肝疫苗的副作用都会在48小时内转为正常，所以不必过分担心甲肝疫苗的副作用。
