食品微生物学涉及病毒、细菌、真菌多种微生物,除研究这些微生物的一般生物学特性外,还探讨它们与食品有关的特性。如对发面用的面包酵母,需要研究它在面团中的发酵作用和它的干燥保藏;对酸菜、泡菜和青贮饲料中的乳酸细菌,需要研究它们在青贮期间的动态以及对它们有益或有害的生物、化学和物理的因子;对用发酵法生产氨基酸的细菌,需要干扰其正常代谢,使其异常地产生所需氨基酸并分泌到细胞以外;在利用微生物产生的某种酶制造食品的情况下,需要研究怎样使它多产生所需的酶(如制糖浆用的α-淀粉酶、β-淀粉酶、葡糖异构酶,蛋清业和防氧化用的葡糖氧化酶,澄清酒类及制果汁用的果胶酶等);在以微生物本身为食品的情况下(如饲料酵母、人工栽培银耳、木耳和其他菌类等),需要研究怎样取得和怎样防止阻碍取得更高生物量的因素。为了防止微生物引起食品变质、腐坏,则要着重研究有关微生物的生态学。根据微生物生态学特性及食品本身的性状采取盐腌、醋渍、糖渍、干燥、低温或高温处理、罐藏、熏制等加工手段,杀死或抑制污染在食品上的微生物。食品引起的传染病是病菌随食品进入体内并在体内增殖的结果(如肠炎、霍乱等)。食品中毒是产毒微生物在食品上产生毒素(如肉毒毒素、黄曲霉毒素、发面黄杆菌毒素等),人吃下污染食品后,便会出现中毒症状。为防止微生物通过食品为害人类,必须实施和加强食品卫生微生物检验法。