真菌（以酵母为例）当然也存在复壮问题。一株酵母菌在多次繁殖后，会产生老化现象。需要复壮。老化现象一般表现是对数生长期不明显，曲线过于平缓；菌密度下降明显；稳定期短；产物产生量下降等。
酵母菌的复壮其实也是分离纯化培养，只是要把遗传性状稳定、生长良好的菌挑选出来。一般不用秋水仙素等，因为这类物质很容易造成菌种不可逆变异，导致菌种无法继续使用。
复壮的步骤一般是这样的。
将菌种在全营养培养基中液体培养，进入对数生长期后（时间不要太长，否则会繁殖过度），做较大批量的稀释平板。观察菌落生长情况，挑选生长优势菌落（长得快、长得大），检测其某方面的生理功能，如发酵力、产酸、产酶等。此过程重复进行，综合考虑生长优势与生理功能优势，直到得到生长强壮、生理功能满意的菌株。
一般一次复壮会多挑选几支进行对比选择，也会多留下几支，以备不时之需。
真菌可以通过组织或孢子分离技术来获得
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