车已修好，维修费比保险定损高，怎么办？

根据你的情况来看，即便是通过司法途径解决胜诉的可能性很小。假如三者车主和修理厂私下说好，那么由他起诉你，结果这个钱还是要你来出，我曾经有过一个案件是修理厂修车4万，车主起诉6万，原因是修理厂修车费用和保险公司核定价格有出入不认可，三者车车主自行决定修车，还有就是车辆折旧费，因为事故比较大，修好之后变卖会折损原车价格。所以最后起诉三者胜诉赔付6万。
根据我的经验来看，首先修车费用6000是你先垫付的还是三者车主自己垫付的？如果是他垫付的，我估计闹僵的结果就是和我上米娜说的案例差不多，如果你垫付的，那我建议你和三者车主协商一下共同协同保险公司给维修厂施加压力，看能不能协商按照保险公司定损为准，或者在优惠下，毕竟这是他车的售后服务店，他们还要考虑到以后回头客的因素。
对你最不利的情况就是三则车主不配合，而且钱是他垫付的，因为价格差异不能达成协商，他来起诉你，这是对你最不利的结果。还有就是钱你已经垫付过了，而修理厂不认可5000的价格，死咬住6000不放，三者车主又不愿出面协商保险公司也只是口头上支持你，等等这些吧，都是最不利的情况。
如果确实像我说的两种情况，那么我建议尽量协商，法律诉讼有时候并不能够想我们想象中那样就一定能够帮到我们，道理虽然我们都知道，但是法律有时候讲的道理并不是我们通常想的那样。

根据你这样的情况，就只能走法律途径。因为这个东西4S和保险公司都有责任的。