真菌像细菌和微生物一样都是分解者，就是一些分解死亡生物的有机物的生物。真菌将生物分解为各类无机物，使土地肥力增强。
还有些真菌也成为重要的食物来源。可食用的蕈菌有200多种，如冬菇、草菇、木耳、云耳等。以及真菌所侵入后的生（动）物空壳，如冬虫夏草。
有些真菌的菌丝长到植物的根系中后，能使植物长得更大且更健康。这些菌丝从地下钻出来，吸取土壤中的水和养分。水和养分较多时，植物便能从真菌处获益，并且真菌还能分泌一种物质，能促进植物的生长。
在农业、林业和畜牧业中，真菌又有有害的一面。真菌能引起植物多种病害，从而造成巨大的经济损失。例如，1845年欧洲由于马铃薯晚疫病的流行摧毁了5／6的马铃薯，中国由于1950年的小麦锈病和1974年的稻瘟病而使小麦和水稻各减产60亿千克。
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