欠条是一种债权的记载形式,如果需要通过司法救济就需要走诉讼的途径。而民事调解书是通过司法途径已经确定的债权,可以直接通过申请法院强制执行而得到实现。故而,已经生效的民事调解书本身就是法院作为司法机关已经给你确定了的债权的法律文书。欠条已经没有实际的用处了。收与不收实际意义不大。
调解生效后欠条原件由法院存档在卷里,60年。可以放心。两个案件都调解成功了?如果都成功了,应该是与案件有关的欠条作为主要证据都要入卷的。原因你要问承办法官了。