嫩江县历史悠久，1409年（明永乐七年），在今县城置木里吉卫。1686年（清康熙二十五年），筑成墨尔根城（今嫩江县城），始设邑。1908年（清光绪三十四年），裁墨尔根副都统，改设嫩江府。1913年（民国二年），裁嫩江府，始设嫩江县。1931年1月嫩江县沦陷，1945年8月12日获得解放。1946年3月，成立嫩江县政府。1970年3月，归属黑龙江省黑河地区（今黑河市）至今。
