古时遭受侵略而移居远方的虾夷族青年阿斯达卡,为了拯救遭受危险的村人,右手被凶煞神诅咒,为了寻找解除诅咒的方法,阿斯达卡决定离开亲人到西方去流浪。在旅行中他见到了一群由幻姬大人领导的贫穷人们。他们在麒鳞兽的森林开采铁矿,并在森林中建立炼铁厂。然而森林中的种种生物都视他们为敌,总是袭击人类。有着三百岁智能的白狼神莫娜和被她养大的人类女孩“幽灵公主”桑更是时刻想杀死幻姬,毁灭人类的城市。阿斯达卡既被桑所深深的吸引,理解"幽灵公主"保护森林的心情,但同时又想帮助人类。在战斗的过程中阿斯达卡被麒鳞兽所救,立场更加摇摆不定。以疙瘩和尚为首的一批人受领主的命令来杀麒鳞兽,更利用幻姬的力量与反攻人类的大批山猪作战。幻姬以火枪杀死麒鳞兽,失去头颅的麒鳞兽为了夺回自己的头对森林造成了极大的破坏。阿斯达卡和桑合力将麒鳞兽的头颅从疙瘩和尚手里多回,并还给了愤怒的麒鳞兽,麒鳞兽的灵魂方才安息,被破坏的大自然又恢复了正常。
就是人在开发自然的时候破坏了生态的平衡,而人与自然到底该一怎么样的形式生存下来,宫崎骏自己也不知道,他只是用动漫的形式把人与自然的冲突体现出来,希望能人类能够认真地反省自己的行为对自然界的影响。