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（1）物理治疗：目的去除肉眼可见的瘤体和亚临床感染
方法包括：激光、微波、冷冻、电灼、手术切除（妇科的LEEP刀等）、光动力疗法等
（2） 药物治疗：0.5%足叶草脂毒素酊，5%咪喹莫特，50%三氯醋酸、氟尿嘧啶软膏等
（3） 免疫疗法在于减少复发和加快清除病灶，药物有：干扰素、白介素、胸腺肽、转移因子、卡介苗、异维A酸、自体疫苗等
（4） 治疗性疫苗：目前还没有有效的治疗性疫苗。
5、激光和电灼疗法：适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小，缺点：治疗深度需要熟练的操作者控制，伤口深愈合慢，尤其在外生殖器部位，伤口易出血和感染，容易出烟雾引起空气污染和医源性感染，所以需要严格的个人防护。所以对于疣体之间距离比较近、数量非常多，巨大疣体等不太适用。
6、微波治疗：也适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小，不出血和复发率低，无烟雾，无空气污染。缺点：治疗深度需要熟练的操作者控制，伤口需预防感染。巨大疣体不太适用。
7、冷冻：适用于单发、小的病损、扁平型的临床类型，缺点：易复发，有时在病灶周围形成自体种植。
8、光动力疗法：更适用于粘膜、皮肤组织薄嫩处如尿道口、阴道壁、外阴等，优点是安全、有效、复发率低（可清除亚临床感染）、无疼痛或轻微患者耐受性好。
药物疗法：足叶草脂等具有一定腐蚀性，需要保护好周围正常组织，否则易形成周围正常组织的种植。不太适合粘膜疣的应用。生殖器疣不好辨认的，不宜患者自行用药。

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