常用的有基因敲除技术和基因过量表达技术，这是用反向遗传学手段研究基因功能的有效手段。也有用正向遗传学手段的，即从表型出发克隆基因。新的技术有很多，但都没有很好的通用型，也没有传统的方法运用的广泛。如利用蛋白质组学，转录组学研究功能基因组。
