在水体健康时，蓝藻与其它藻类一样，作为食物链的的基础，为浮游动物、滤食动物提供食物。在水体富营养化时，蓝藻大量繁殖，死亡的蓝藻分解迅速消耗氧气，同时蓝藻能产生有毒物质，杀死其它水生生物，水质恶化进入恶性循环。
主要是水体污染，会让水藻肆意增长
蓝藻在水体富营养化时，会大量繁殖，形成水华。
