定都天京后,杨秀清因掌握了大部分军政实权,所以“东府集团”势力最大。这些集团之间争夺权力斗争日益尖锐。1856年9月,太平天国领导集团发生了公开的分开。据《李秀成自述》影印本记载,杨秀清骄傲专横的倾向日益严惩地表现出来,“威风张扬,不知自忌”。1856年8、9月间,江南大营被打垮,天京被包围的形势暂时解除,杨秀清乘机进一步扩大势力,“逼天王到东王府封其万岁”。洪秀全命韦昌辉率部于9月1日赶到天京,包围了东王府。次日杨秀清及其眷属全被杀光。接着天京城内发生混战,太平天国优秀将领和战士两万多人死亡。后韦昌辉控制了天京,独揽军政大权。11月,洪秀全又命石达开杀死了韦昌辉及其心腹200多人,结束了韦昌辉对天京历时2个月的统治。在这之后,洪秀全又逼迫石达开出走,后石达开被清军围困全军覆没。这就是太平天国由盛转衰的转折点,历称“天京变乱”。
1856年内讧,韦昌辉杀杨秀清,石达开杀韦昌辉,石达开出走。