①等位基因分离发生在减数第一次分裂后期，同源染色体分离，着丝点没有分裂，该图所示细胞着丝点已分裂，姐妹染色单体分开，应为减数第二次分裂后期，①错误；
②该图中没有同源染色体，细胞质均等分裂，并且发生着丝点的分裂，所以该细胞有可能是次级精母细胞或极体，但不可能是次级卵母细胞，②错误；
③该细胞中1与2，3与4为复制关系的相同染色体，不属于同源染色体，③错误；
④该细胞中有2个染色体组，应该是1与3为一组，2与4为一组，④正确；
⑤图中1和2来源于同一条染色体，3和4也来源于同一条染色体，所以该细胞中，如果1是Y染色体，那么2也是Y染色体，3与4为常染色体，⑤正确．
故选：B．
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