哈利·波特在霍格沃茨魔法学校学习一年之后,暑假开始了。他在姨父姨妈家熬过痛苦的假期。正当他准备打点行装去学校时,家养小精灵多比前来发出警告:如果哈利返回霍格沃茨,灾难将会临头。多比为哈利重返霍格沃茨设置了很多障碍,但哈利和罗恩还是开着韦斯莱先生会飞的福特老爷车,义无反顾地回到了霍格沃茨…… 才一开学,魔法学校里就怪事连连:守门人的猫和几个学生受到某种可怕的力量的攻击而石化,事发现场留着鲜血写的“密室已被打开……” 为了加强同学们的防范意识,洛哈特教授和斯内普教授组织了一个“魔法决斗小组”,旨在向同学们传授一些基本的魔法防御知识。在演习过程中,哈利无意中说了“蛇语”,以阻止马尔福变出的蛇攻击同学,但是这一举动引起了轩然大波,因为,即使在巫师界,会说蛇语,也就是所谓的“蛇佬腔”也是不受欢迎的,因为这是斯莱特林特殊的能力,而且是黑魔王伏地魔使用的语言,大家纷纷猜测他就是“斯莱特林的继承人”,并且把哈利看成是一个危险分子,这让哈利迷惑并痛苦不已。哈利的耳边时常传出幽灵般的声音:密室之门将被打开……这让哈利更加迷惑。同时,又有几名曾经说过哈利坏话的同学被石化了,这让大家的恐慌情绪更重了。 在霍格沃茨里,流传着一个古老的传说。当年霍格沃兹的四位创始人在招收学生的意见上,有着很大的分歧。斯莱特林认为,只有血统最为纯正的纯血统巫师,才有资格进入他的学院学习。斯莱特林在霍格沃兹的一个地方建立了一个密室,传说中只有斯莱特林的继承人才能打开密室。没人知道这个密室在哪里,但是50年前,密室曾经被打开过,并且有一名学生(哭泣的桃金娘)死了。 面对越来越多的受害者,学校里一片恐慌。学校甚至宣布,可能要关闭。 哈利,赫敏和罗恩三人决心要找出密室的秘密。他们怀疑这一切都是马尔福干的。他们配置了复方汤剂,变成克拉布和高尔的样子,想从马尔福口中套出话来。可是,就连马尔福也不知道谁是“斯莱特林的继承人”,更没有打开密室。哈利在他们平时配置汤剂的女生盥洗室里面无意中发现了一本日记,虽然看上去破破烂烂,但是里面一个字都没有。哈利带走了这本日记,并且惊奇的发现,这本日记自己会思考,还会与人交流。日记的主人叫“汤姆·里德尔”,曾经是霍格沃茨的学生。他向哈利展示了他的一段记忆,哈利发现,50年前,似乎是海格打开了密室,放出了怪物,杀死了一名学生。 哈利去找海格求证,海格否认曾经打开密室。正在这时,魔法部官员前来逮捕海格,海格被带去了阿兹卡班,邓布利多也被迫被解除了霍格沃茨校长的职务。海格走之前,为哈利留下了一条线索:“只要跟着蜘蛛,就能得到线索。” 为了解开一连串恐怖的谜团,哈利必须探索密室之谜,而致命的危机正一步步临近…… 在一次魁地奇比赛后,哈利和罗恩被告知,赫敏也被石化了。二人心痛不已,更加决心要找出密室的秘密。可是一切毫无线索,就在二人毫无头绪时,哈利发现了蜘蛛,他们俩尾随蜘蛛来到了禁林深处,禁林深处住着一个巨蜘蛛群体,群体的首领阿拉戈克曾经是海格的朋友,阿拉戈克证实,海格没有打开密室,打开密室的另有其人。就当以阿拉戈克为首的蜘蛛要攻击哈利和罗恩时,韦斯莱先生的会飞的福特车赶到,救了他们一命。 哈利和罗恩在一次探视被石化的赫敏时,无意中发现赫敏手中握着一张从图书馆书上撕下来的纸,上面写着“蛇怪” 和“管子”。哈利一下子恍然大悟,原来他一直听到的声音是蛇怪的声音,因为他是蛇佬腔,所以只有他能听到,而别人听不到。而这个声音之所以一直在移动,是因为蛇怪一直藏在城堡里的下水管道里面,并移动着。而50年前死去的女学生,如果她一直没有离开她死去的地方,那么她就是女生盥洗室里的幽灵“哭泣的桃金娘”。 哈利跑去向“哭泣的桃金娘”证实,“哭泣的桃金娘”向他讲述了上次密室被打开的场景。她因为和蛇怪对视了一下,就马上毙命了。而通过反光的东西看到蛇怪眼睛的人就会被石化。 就在这时,坏消息再次传来,罗恩的妹妹金妮被蛇怪劫走了。罗恩和哈利决定马上去救金妮。他们逼迫洛哈特教授陪同他们,通过桃金娘的盥洗室,哈利用蛇语打开了通往密室的通道,进入了密室。在通往密室的通道中,洛哈特教授准备对哈利和罗恩实施遗忘咒,没想到罗恩的坏魔杖把这个恶咒反而作用在了洛哈特教授身上,洛哈特教授失去了记忆。同时,恶咒的威力让通道塌陷了,哈利只好一个人继续前行。在密室里,哈利见到了汤姆.里德尔,才知道,原来他就是少年时代的伏地魔。伏地魔在霍格沃茨读书期间,曾经打开密室,放出了蛇怪。现在,他的一部分记忆存活在日记本里,金妮得到了这本日记,并向他倾诉了自己的心事,伏地魔从而控制了金妮,令她打开了密室,放出了蛇怪,还在墙上写下了“密室被打开……”等文字。伏地魔让蛇怪攻击哈利,危急时刻,凤凰福克斯出现,带给哈利分院帽,哈利从分院帽里抽出了格兰芬多的宝剑,杀死了蛇怪,而蛇怪的毒牙却刺进了他的手臂,当他奄奄一息之时,福克斯飞来用它的眼泪治好了哈利手臂上致命的伤口。与此同时,伏地魔正在吸取着金妮的活力,金妮奄奄一息,伏地魔越来越强大,金妮越来越虚弱,哈利灵机一动,将蛇怪的毒牙刺进了日记本,伏地魔消失了,金妮醒了过来,他们和罗恩会合,福克斯将他们带出了密室,回到了霍格沃茨。 学期快结束了,斯普劳特教授培育的曼德拉草成熟了,救活了所有被石化的同学,海格也被释放了。哈利在霍格沃茨度过的第二年在一片欢乐中结束了。
开学前,家养小精灵多比突然出现在哈利波特的床上告诉哈利波特不能去学校,哈利波特不肯,于是多比施魔法把蛋糕打翻了。于是哈利接到警告,不能在暑假时用魔法,德思礼一家便把他关在家里。晚上,罗恩他们开着会飞的车子救出了哈利。然而开学那一天,他们又无法进入九又四分之三站台,于是他们开着会飞的车子到了学校,但是在降落时罗恩的魔杖被打人柳打坏了。学校来了一名新黑魔法防御术老师,非常自恋,名叫洛哈特。一次关禁闭时,哈利在洛哈特教授的办公室里听到奇怪的声音,于是他与罗恩赫敏一起去解开这个奇怪的谜题。然而他们发现洛丽丝夫人被石化了,墙上写着“密室已被打开,泥巴种们要当心了”而费尔奇认定是他石化了洛丽丝夫人,写了那行字。邓布利多问哈利有没有事情要告诉他,哈利没有告诉他那个声音的事情。后来他发现一本日记,是一个名叫汤姆里德尔的人的,哈利可以跟他在日记里对话,里德尔还带他看了上一次密室被打开的事情。赫敏他们熬制了复方汤剂,乔装去问马尔福关于密室的事情。海格因为有前科被送进了阿兹卡班。后来赫敏也被石化了,他们在她的手里发现一张纸,上面是关于蛇怪的介绍。他们在盥洗室里找到了密室的入口,进入密室,洛哈特想给他们施遗忘咒,然而由于罗恩的魔杖是坏的,咒语向后发射他从此一忘皆空。在密室里,哈利发现汤姆里德尔就是年轻时的伏地魔,金妮被他控制了。他凭着自己的忠心,杀死了蛇怪,销毁了日记,最后释放了多比。
这里面也很复杂,从整个小说来看,这部里面主要内容:哈利波特找到了第一个神器日记本,知道了很多事情,发现了学校中的密室,最后杀死了密室中的蛇怪。